Las materias optativas de la MDH son las siguientes:
| Título | Área de énfasis | Hora x semana x semestre | Horas-clase totales | Requiere estudio adicional | Créditos |
| Derechos humanos, globalización y alternativas políticas | ES/TD | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Sistema penal y derechos humanos | PJ/TD | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Políticas públicas de derechos humanos | PJ/ES | 1 | 16 | Sí | 2 |
| Teoría crítica de derechos humanos | ES/TD | 1 | 16 | Sí | 2 |
| Instituciones del Sistema Interamericano de Derechos Humanos | PJ/ES | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Instituciones del Sistema Universal de Derechos Humanos | PJ/ES | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Instituciones mexicanas de protección de derechos humanos | PJ | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Derechos de los pueblos indígenas | PJ/ES/TD | 1 | 16 | Sí | 2 |
| Pedagogía de derechos humanos | ES/TD | 1 | 16 | Sí | 2 |
| Educación en derechos humanos | ES/TD | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Derechos humanos y subjetividades emergentes | PJ/ES/TD | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Derechos humanos en el nuevo constitucionalismo latinoamericano | PJ/TD | 1 | 16 | Sí | 2 |
| Teorías constitucionales y derechos humanos | PJ/TD | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Biosociodiversidad y derechos humanos | PJ/ES/TD | 1 | 16 | Sí | 2 |
| Taller de investigación histórica | ES/TD | 1 | 16 | Sí | 2 |
| Resolución pacífica de conflictos | PJ/ES/TD | 1 | 16 | Sí | 2 |
| Medios alternos de solución de conflictos | PJ/ES | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Derechos humanos en el sistema penal acusatorio | PJ | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Taller de defensa integral en derechos humanos | PJ | 1 | 16 | Sí | 2 |
| Ética de derechos humanos | TD | 2 | 32 | Sí | 4 |
| Sistemas económicos y derechos humanos | ES/TD | 1 | 16 | Sí | 2 |
| Taller de interculturalidad | PJ/ES/TD | 1 | 16 | Sí | 2 |